【2025年】IT導入補助金はECサイト制作対象外!代わりに使える補助金を紹介


IT導入補助金を使って、ECサイトを立ち上げようと思っているんだけど、2025年のIT導入補助金はECサイト制作対象外なの?

はい、その通りです。実は、IT導入補助金はECサイトの新規制作には使えないんです。でも、ご安心ください。他にもECサイト制作に使える可能性がある補助金がいくつかありますよ。
- IT導入補助金では、ECサイトは作れないのかな?
- IT導入補助金が適用外なら、他に利用できる補助金はあるの?
- ECサイト制作に使える補助金や選び方を教えてほしい!
ECサイトを立ち上げる際、コストや制作時間がかかるため、補助金や助成金を活用したいと考える方も多いでしょう。
中でも「IT導入補助金を活用したい!」と思っている方もいるかもしれません。
しかし、2025年度において、IT導入補助金は新規のECサイト制作には適用できないことがわかっています。
少しがっかりされる方もいらっしゃるかもしれませんが、ご安心ください。
実は、ECサイト制作のために使える可能性がある補助金制度は他にも存在します。
それぞれの補助金には、適用要件や対象事業が異なるため、ECサイト制作に適した補助金を選ぶことが重要です。

本記事では、ECサイト制作に使える最新の補助金制度を詳しく紹介し、選び方や活用のポイントを解説します。
ブログ監修者

助ネコ事業部(ECサポート担当)
運営実績18年以上の信頼!助ネコ事業部では、2007年2月1日のシステム提供開始以来、18年以上にわたり全国のネットショップ様にシステム導入支援と運用サポートを提供し、業務効率化と成長を支援しています。
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IT導入補助金は2025年度も引き続きECサイト制作対象外

2025年度においても、IT導入補助金はECサイトの新規制作には利用できません。
これは、2024年度から続く方針であり、補助金の適用対象としてECサイト制作が明確に除外されていることが確認されています。
IT導入補助金は、主に中小企業のIT化を支援するために設けられたもので、以下のような用途には活用できます。
- 業務効率化を図るためのITツールの導入
- 既存のシステムの改善や更新
では、なぜIT導入補助金がECサイト制作の対象外となったのでしょうか?
この理由については、主に以下の3つの要因が考えられます。
不正利用の懸念
ECサイト制作がIT導入補助金の補助対象となることで、補助金を受ける目的が「ECサイトを作ること」に偏り、事業の生産性向上や業務効率化といった本来の目的から逸脱するケースが増加しました。
これにより、IT導入補助金が不正に利用されるリスクが高まったと考えられます。
補助金の目的との不一致
IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者が業務の効率化や生産性向上を目的として、ITツールの導入を支援する制度です。
ECサイト制作は、販路拡大や販売促進を目的とすることが多く、補助金の趣旨とは直接的な関連性が薄いと判断された可能性があります。
他の補助金制度の活用促進
ECサイト制作に関しては、他にも「小規模事業者持続化補助金」や「事業再構築補助金」など、より適切な補助金制度が存在します。
これらの制度を活用することで、ECサイト制作に必要な費用を支援することが可能となり、IT導入補助金の適用対象外とすることで、より適切な制度への誘導が図られたと考えられます
ECサイト制作に使える補助金を紹介

ここからは、ECサイト制作に使える可能性がある補助金を紹介していきます。
まず結論ですが、ECサイト制作に使える可能性がある補助金は、以下の3つです。
- 「ものづくり補助金」
- 「事業再構築補助金」
- 「小規模事業者持続化補助金」
① ものづくり補助金
ものづくり補助金は、「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」の略称です。
中小企業が生産性の向上を目的として、革新的な新商品・新サービスの開発や、新たな生産方式の導入に取り組む際に、必要な設備投資を支援する制度です。
ものづくり補助金の補助対象経費は、以下の8項目です。
- 機械装置・システム構築費:設備やシステムの購入・設置・改修費用
- 運搬費:設備や製品の輸送にかかる費用
- 技術導入費:特許使用料や設計費などの技術導入費用
- 知的財産権等関連経費:特許や商標の取得費用
- 専門家経費:専門家への報酬や相談費用
- クラウドサービス利用費:クラウドサービスの利用料
- 広告宣伝・販売促進費:広告や展示会など販促に関する費用
- 外注費:外部への加工・設計・検査等の委託費用
ECサイト制作に使える可能性のある項目は、1.の「システム構築費」です。
ただ、これらの経費はすべてが無条件に補助対象となるわけではなく、支出のタイミングや契約先、見積書の取得方法などについて厳格な要件が定められています。
申請前には必ず最新の公募要領を確認し、適正な手続きを踏んで経費を計上する必要があります。
詳細は、ものづくり補助金総合サイト(外部サイト)をご確認ください。
② 事業再構築補助金
事業再構築補助金とは、ポストコロナ時代の経済や社会の変化に対応するため、新たな市場への進出(新分野展開や業態転換)、事業・業種の転換、事業再編、国内回帰、地域のサプライチェーンの強化などに取り組む中小企業の挑戦を支援する補助金です。
事業再構築補助金の対象経費は、以下の11項目です。
- 建物費:建設・改修・撤去などの費用
- 機械装置・システム費:設備やシステムの購入・導入費
- 技術導入費:特許やノウハウの使用料など
- 専門家経費:コンサルタントや外部専門家への報酬
- 運搬費:設備などの運送にかかる費用
- クラウドサービス利用費:業務用クラウドの利用料
- 外注費:加工・設計・検査などの外部委託費
- 知的財産関連費:特許・商標の取得費用
- 広告宣伝・販売促進費:広告や展示会出展などの費用
- 研修費:従業員教育・講座受講の費用
- 廃業費:既存事業の廃止にかかる費用(※特定枠)
ECサイト制作に使える可能性のある項目は、以下の4つです。
- 機械装置・システム構築費
→ ECサイト構築に必要なシステム開発、CMS導入、ショッピング機能などの開発・導入費用 - クラウドサービス利用費
→ ECカート、決済サービス、外部連携ツールなどのクラウドサービス使用料 - 外注費
→ デザインやコーディング作業を外部に委託する場合の費用(UI/UX設計・実装など) - 広告宣伝・販売促進費
→ サイト公開後のWeb広告、SNS広告、販促チラシなどへの掲載・制作費用
ただし、単なるECサイト制作やリニューアルでは対象外です。
新たな事業展開や売上構造の転換を目的としたECサイト制作であることが必要ですので、ご注意ください。
詳細は、事業再構築補助金公式サイト(外部サイト)をご確認ください。
③ 小規模事業者持続化補助金
小規模事業者持続化補助金とは、個人事業主や小規模法人が行う、販路開拓やそれに伴う業務効率化の取り組みを支援する制度です。
たとえば、新たな広告手法の導入、展示会への出展、業務効率向上を目的とした設備の導入、そしてECサイトの構築などが補助対象となります。
小規模事業者持続化補助金の対象経費は、以下の11項目です。
- 機械装置等費:製造装置や業務用機器の購入・導入費用
- 広報費:チラシ、パンフレット、看板などの広告制作・配布費用
- ウェブサイト関連費:ホームページやECサイトの制作・更新・運用費用
- 展示会等出展費:展示会や商談会への出展にかかる費用
- 旅費:販路開拓のための出張に伴う交通費や宿泊費
- 開発費:新商品やサービスの試作・開発にかかる費用
- 資料購入費:事業に必要な資料や図書の購入費用
- 雑役務費:補助事業のために臨時的に雇用したアルバイト・派遣社員の人件費
- 借料:機器や設備のリース・レンタル料(所有権移転を伴わないもの)
- 設備処分費:新サービス実施のためのスペース確保を目的とした設備処分等の費用
- 委託・外注費:店舗改装など自社では実施困難な業務を第三者に委託する費用
ECサイト制作に使える可能性のある項目は、3.の「ウェブサイト関連費」です。
また、補助対象経費は、交付決定後に発生し、補助事業期間内に支払われたものに限られます。
詳細は、小規模事業者持続化補助金公式サイト(外部サイト)をご確認ください。
ECサイト制作に補助金を利用する際のデメリット(注意点)

申請手続きの煩雑さ
ECサイト制作に補助金を利用する際、まず最初に挙げられるデメリットは申請手続きの煩雑さです。
補助金を申請するためには、複雑な書類作成や手続きを行う必要があります。
申請が通るまでに時間がかかることもあり、予定していたスケジュールに影響を与える可能性があります。
補助金の使途制限
補助金を利用する場合、その使途には制限があることを理解しておく必要があります。
例えば、補助金が支給されるのは、ECサイトの開発費やデザイン費用などの特定の支出に限られていることが一般的です。
したがって、運営やマーケティングにかかる費用などには使えない場合があり、そのための予算を別途用意しなければならないこともあります。
補助金を申請する際には、どの費用に補助金が適用されるかを確認し、計画的に予算を組むことが求められます。
厳格な申請条件
補助金の申請には厳格な条件が設けられていることが多いです。事業規模や業種に関する制限があり、必ずしもすべての事業者が申請できるわけではありません。
また、過去の実績や事業計画に基づく評価が求められることもあり、申請が承認されるかどうかは審査結果に依存します。
条件を満たしていない場合、申請が却下される可能性もあるため、事前に要件を確認し、準備を整えることが重要です。
報告義務
補助金を受け取った後には、一定の報告義務が課せられることがあります。使途報告や進捗状況の報告など、補助金が適切に使用されているかを証明するための手続きが必要です。
これにより、事務的な負担が増加することがあります。特に報告書を提出する際には細かい部分に注意を払う必要があり、負担に感じることもあるかもしれません。
報告義務をスムーズにこなすためには、プロジェクトの進行管理をしっかり行うことが求められます。
他の資金調達との併用の難しさ
補助金を利用する場合、他の資金調達手段との併用が難しいこともあります。
例えば、銀行融資や投資家からの資金調達を考えている場合、補助金の受け取りが障害になることもありえます。
そのため、補助金を利用する前に、他の資金調達方法と合わせて検討し、最適な方法を選ぶことが重要です。
審査結果に時間がかかる
最後に、補助金の申請から受給までのプロセスには時間がかかることがあります。
審査結果が出るまでに数週間から数ヶ月かかる場合もあり、その間にプロジェクトが進められないことがあるため、計画的にスケジュールを立てることが求められます。
申請から受給までの期間を見込んだプロジェクトスケジュールを組むことが、補助金をうまく活用するための鍵となります。
ECサイトの立ち上げなら、メルカリShops(メルカリショップス)やBASEの活用もおすすめ

補助金の利用には、上記で挙げたような注意点があります。
もし、「簡単にECサイトを立ち上げたい!」という場合には、「メルカリShops(メルカリショップス)」や「BASE」といったプラットフォームを活用するのもおススメです。
初期コストを抑えられる
メルカリショップスやBASEといったプラットフォームは、無料プランや低コストでスタートできる点が大きな魅力です。
ECサイトの立ち上げにかかる初期費用を最小限に抑えられ、手軽にECサイトを運営できるので、予算が限られている企業や個人事業主にとって非常に有益です。
専門知識がなくても簡単に運営できる
これらのプラットフォームは、特別なプログラミングの知識やデザインスキルがなくても、誰でも直感的にECサイトを開設できます。
テンプレートを使って、商品の登録から決済、配送管理まで一括でできるので、運営に必要な時間と労力を大幅に削減できます。
追加機能が充実している
メルカリショップスやBASEには、在庫管理、決済システム、配送管理など、ECサイトに必要な機能が最初から備わっています。
さらに、商品ページのカスタマイズも簡単にできるため、ブランドに合わせたデザインを作成することも可能です。
メルカリショップスの更に詳しい紹介を知りたい方は、以下の記事がおすすめです。
メルカリShops(メルカリショップス)のメリットを詳しく解説した記事をチェックする>>
さらにECサイト運営を効率化したいなら、ネットショップ一元管理システムを導入

ECサイトを運営していく中で、複数のECサイトを管理する場合や業務をさらに効率化したい場合には、ネットショップ一元管理システムの導入が非常におすすめです。
ネットショップ一元管理システムを使うことで、受注管理や在庫管理、顧客情報を一元化し、モールやカートを効率的に運営できます。
ネットショップ一元管理システムでおすすめなのが「助ネコEC管理システム」
ここでおすすめしたいのが、「助ネコEC管理システム」です。
助ネコを利用することで、BASEやメルカリShops(メルカリショップス)を含む複数のECサイトを一括で管理できるようになります。
受注、在庫情報をシステム上で一元管理でき、業務の手間を大幅に減らせます。
これにより、効率的に運営を進めることができ、時間や人員のリソースを他の重要な業務に充てることができます。
IT導入補助金を使って、さらにコストを削減
さらに、IT導入補助金を活用して、助ネコを導入することが可能です。
IT導入補助金は、企業が業務効率化を図るために必要なITツールの導入に支給される補助金です。
ちなみに、助ネコを提供しているアクアリーフは、2016年~2025年まで、9年連続でIT導入支援事業者に認定されています。
おかげさまで、2025年も助ネコはIT導入補助金が使えるITツールとして登録されました!
IT導入補助金を活用することで、システム導入費用を補助金で一部負担してもらうことができます。
助ネコとIT導入補助金を使って、さらにコストを抑えて効率的なECサイト運営が可能となります。
まとめ:ECサイト制作には補助金だけでなく、メルカリShops(メルカリショップス)やBASEも活用しよう!

ECサイトを立ち上げる際、補助金を活用するのは有効ですが、メルカリShops(メルカリショップス)やBASEなどの簡単に使えるプラットフォームを活用することもおすすめです。
これらのプラットフォームは、低コストで短期間にオンラインショップを立ち上げられ、在庫管理や決済機能も最初から備わっているため、運営が非常に簡単です。
さらに業務を効率化するためには、助ネコを活用
もし、複数のECサイトの管理を視野に入れている場合や、業務をさらに効率化したい場合は、助ネコのような一元管理システムを導入するのが効果的です。

助ネコを使えば、複数のECサイトを一括管理でき、業務の手間を大幅に削減できますよ。
ぜひ、ECサイト制作に使える補助金だけでなく、『助ネコ』のような一元管理システムにも視野を広げてみてください。