【2026年版】ネットショップ向け在庫管理システム比較｜失敗しない選び方と導入ポイント

2025年1月16日 2026年2月4日

先週、楽天で注文が入った商品が、実はAmazonではすでに売り切れ…。在庫ズレが発生して、慌ててキャンセル対応しました。在庫ズレを防ぐ良い方法はないですか？

それなら、ネットショップ向けの「在庫管理システム」を導入するのがおすすめです。複数のECサイトと連携できるシステムなら、在庫を一元管理できますよ。

ネットショップを運営していると、一度は経験したことがあるのではないでしょうか。

特に、楽天・Amazon・自社ECなど複数の販売チャネルを運営している場合、手作業やExcelでの在庫管理にはどうしても限界があります。

在庫管理のミスは、

に直結するため、早めの対策が重要です。

そこで、活用したいのが ネットショップ向けの在庫管理システムです。
在庫更新の自動化、複数チャネルの一元管理、売上分析など、業務効率を大幅に向上させる機能が豊富に揃っています。

本記事では、ネットショップ向け在庫管理システム「助ネコEC管理システム」を提供している私たちの視点から、
2026年におすすめの在庫管理システムを比較し、

を分かりやすく解説します。

ネットショップの在庫管理システムの比較や選び方に焦点を当てる前に、そもそも在庫連動システムの仕組みや導入効果を知っておきたい方は、以下の記事から読んでいただくことをおすすめします。

助ネコ事業部（ECサポート担当）

運営実績19年以上の信頼！助ネコ事業部では、2007年2月1日のシステム提供開始以来、19年以上にわたり全国のネットショップ様にシステム導入支援と運用サポートを提供し、業務効率化と成長を支援しています。
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目次（クリックで移動）

ネットショップに在庫管理システムが必要な理由

ネットショップの運営において、在庫管理はビジネスの成功を左右する重要な要素です。在庫管理システムの導入が必要なのは、以下の理由があるからです。

ネットショップを運営していると、楽天では在庫があるのに、Amazonではすでに売り切れというケースが発生します。この状態で注文が入ってしまうと、注文キャンセルやクレームにつながり、信頼低下の原因になります。

ネットショップ向けの在庫管理システムを導入すれば、各ECモールやカートと連携し、在庫情報を自動で更新 できるので、在庫ズレを事前に防げます。

手動での在庫管理は、エクセルやGoogleスプレッドシートを使ってもミスが発生しやすいものです。在庫管理システムを導入すれば、販売と同時に在庫数を自動調整 できるので、人的ミスを削減できます。

ネットショップ向けの在庫管理システムを活用することで、売れ筋商品の在庫状況をリアルタイムで把握し、機会損失を防ぐことが可能になります

データを分析することで、適切な在庫補充のタイミングを見極めることができ、売上アップにつながります。

ここでは、2026年のネットショップ向け在庫管理システム5選を紹介し、それぞれの特徴を比較します。

注意

各システムの料金や特徴は、提供元の公式サイトや最新の情報をもとに記載していますが、プランやオプションによって変動する場合があります。導入を検討される際は、各公式サイトで最新情報をご確認ください。

システム名	提供形態	料金プラン	特徴
助ネコEC管理システム	クラウド型	月額21,000円連携サイト数＆取込件数＆商品点数の上限なしで料金固定！	直感的な操作性と多機能性が魅力。ECサイトとの連携が充実。
ロジクラ	クラウド型	月額14,800円～	シンプルな操作で中小企業向け。スマホアプリ対応。
ZAICO（ザイコ）	クラウド型	月額3,980円～	スマホで簡単に在庫管理が可能。低コストで導入しやすい。
GoQSystem（ゴクーシステム）	クラウド型	月額29,800円～	受注・在庫連携管理のセットプラン
アラジンオフィス	オンプレミス型・クラウド型	個別見積り	幅広い業種に対応。柔軟なカスタマイズが可能。

在庫管理システムを選ぶ際に大切なのは、「機能が多いか」よりも「自社の運営に無理なく合うか」です。

特に、
・商品点数が増えたとき
・モールやカートが増えたとき
・将来的に運営規模が変わったとき

に、料金や機能の制限がネックになるケースは少なくありません。

そのため、今の規模だけでなく、数年後の運営も見据えて選ぶことが重要です。

助ネコEC管理システムは、複数のネットショップを運営する事業者向けに設計されたクラウド型管理システムです。

在庫管理だけでなく、受注管理・商品登録・発注管理までを一元化でき、日々の運営業務をまとめて管理できます。

特長のひとつが、在庫管理において、連携サイト数・取込件数・商品点数に上限がなく、月額料金が固定である点です。

「最初は小規模だったが、後からモールや商品数が増えた」というケースでも、追加費用を気にせず使い続けられます。

特徴：多機能かつ操作が簡単なクラウド型システム。受注管理、在庫管理、商品登録、発注管理など幅広い機能を備えています。初心者でも使いやすい設計で、ECサイトとの連携も充実。
おすすめポイント：直感的な操作性・ECサイトとのスムーズな連携
料金：月額21,000円（連携サイト数＆取込件数＆商品点数の上限なしで完全固定！）