【プロ厳選】EC一元管理システムおすすめ8選！失敗しない選び方も解説

2025年8月7日 2025年8月7日

楽天や自社ECなどのネットショップをバラバラに管理していて、手間がかかりすぎてもう限界です。EC一元管理システムでおすすめはありますか？

EC一元管理システムは、種類によって機能や価格がかなり違うんですよ。でも、きちんと比較すれば、きっとあなたに合うシステムが見つかります。

「商品登録や在庫調整、もう手作業に限界を感じていませんか？」

複数のECモールを運営していると、在庫ズレや受注ミス、煩雑な商品管理が次第に深刻化してきます。そんな悩みを一気に解決してくれるのが「EC一元管理システム」です。

とはいえ、システムごとに機能や価格が異なり、「どれを選べば本当に業務がラクになるのか分からない」という方もいらっしゃるのではないでしょうか？

そこで本記事では、現場経験豊富なプロがEC一元管理システムを8つに厳選しつつ、EC一元管理システムの「失敗しない選び方」を分かりやすく解説します。

この記事はこんな方におすすめ

複数モール・カートを手作業で管理している
どのEC一元管理システムを選べばいいか分からない
ネットショップの業務効率化・人件費削減を本気で考えている

ブログ監修者

助ネコ事業部（ECサポート担当）

運営実績18年以上の信頼！助ネコ事業部では、2007年2月1日のシステム提供開始以来、18年以上にわたり全国のネットショップ様にシステム導入支援と運用サポートを提供し、業務効率化と成長を支援しています。
『無料オンライン相談受付中！』

目次（クリックで移動）

1 EC一元管理システムとは？特徴やできること
2 EC一元管理システムのメイン機能
3 EC一元管理システムの導入メリット・デメリット
4 プロ厳選のEC一元管理システムおすすめ8選！
5 EC一元管理システムを選ぶときの注意点
6 まとめ：EC一元管理システムおすすめ8選から自社に合うシステムを選ぼう！

EC一元管理システムとは？特徴やできること

EC一元管理システムとは、

楽天市場
Amazon
メルカリShops

といった複数のネットショップの受注・在庫・商品情報を一括で管理できるシステムのことです。

たとえば、「楽天で商品が売れて、メルカリShopsの在庫を変更し忘れ、在庫切れでキャンセル対応に…」

というような在庫ズレや受注ミスを防ぐためのツールとして、多くのEC事業者に採用されています。

以下では、EC一元管理システムの特徴やできることを簡単に解説します。

在庫の自動連携

ショップ間で在庫数を自動で同期します。

たとえば、楽天で商品が1つ売れたら、AmazonやメルカリShopsの在庫も自動で減少します。

在庫の自動連動があることで、在庫ズレによるキャンセルやクレームを防ぐことができます。

受注情報の一元管理

各モールからの注文を一つの画面で確認・処理できます。

出荷指示、伝票番号の登録、入金確認などの流れもまとめて管理でき、スタッフの作業負担を大幅に軽減できます。

商品情報の一括登録・更新

商品名、価格、説明文、画像などを複数モールへ一括で反映できます。

新商品の登録や価格変更のたびに、各モールで同じ作業を繰り返す手間が省けます。

モールごとの対応

楽天・Amazon・メルカリShopsなど、各モールやカートでは、商品登録のルールや必要な項目がそれぞれ異なります。

一元管理システムなら、各モールの仕様に合わせて自動で最適な形式に変換・反映してくれるため、モールごとに入力し直す手間が省けます。

EC一元管理システムのメイン機能

EC一元管理システムは、複数のモール・カートで発生する煩雑な作業を効率化するために、主に以下5つの機能を備えています。

在庫管理機能

各モール・カート間の在庫数をリアルタイムで自動同期
どこかで売れたら他ショップの在庫も即時反映
売り越し・在庫ズレによるキャンセル防止に効果的

受注管理機能

楽天、Amazon、メルカリShopsなどの受注情報を一括で確認・処理
出荷処理・ステータス更新・伝票番号の登録もまとめて対応
複数店舗の受注を1画面で管理でき、作業負担を大幅に軽減

商品管理機能

商品名、価格、画像、説明文などを一括で登録・更新
各モールの仕様に合わせて自動で最適化
モールごとに設定変更も可能（例：楽天だけタグ追加など）

顧客管理機能

モールをまたいだ顧客情報を統合・一元管理
購入履歴・問い合わせ対応も効率的に
リピート促進やCS向上にも活用可能

分析・レポート機能（対応ツールのみ）

モール別・商品別の売上分析
在庫回転率・受注件数の可視化
データをもとに販売戦略や在庫調整が可能

EC一元管理システムの導入メリット・デメリット

EC一元管理システムは複数のネットショップを効率的に運営するための強力なツールとなりますが、メリットとデメリットが存在します。

ここでは、その両方について詳しく解説します。

EC一元管理システムの導入メリット

業務効率化・作業時間の短縮

複数モールの在庫管理や受注処理を一元化することで、作業の手間が大幅に削減されます。

手作業で行っていた在庫調整や注文処理を自動化できるため、人的ミスを防ぎながら作業時間を短縮できます。

在庫ズレ・受注ミスの防止

リアルタイムで在庫が同期されるため、在庫切れや売り越し、注文ミスを未然に防げます。

また、受注情報も一元管理されるため、モールごとの注文漏れを防ぎ、顧客満足度の向上にもつながります。

経営判断の精度向上

売上データや在庫状況を一括で分析できるため、迅速な経営判断が可能になります。

どの商品がどのモールで売れているかを可視化することで、仕入れやプロモーション戦略をデータに基づいて最適化できます。

業務の属人化防止

多くの作業が自動化されることで、誰でも同じレベルで業務を行えるようになります。

その結果、特定のスタッフに依存せずに業務の標準化が進みます。

EC一元管理システムの導入デメリット

初期導入コストがかかる

EC一元管理システムは、高機能な分、導入に初期費用がかかることがあります。

システムによっては、月額利用料が発生する場合もあるため、コスト対効果を見極めることが大切です。

システム選定に時間がかかる

市場にはさまざまなEC一元管理システムがあり、どれが自社に最適かを選定するのに時間と労力が必要です。

また、選んだシステムが実際の業務に適応しない場合、再選定やカスタマイズが必要になることもあります。

運用開始までの学習コスト

システムを導入後、運用方法や使い方の「学習」が必要です。

スタッフが使いこなすまでに時間がかかることがあるため、運用開始前に学習・準備期間を設ける必要があります。

モールやシステム間の連携に制約がある場合がある

すべてのモールやカートシステムが、一元管理システムと完全に連携できるわけではありません。

特に、新しいモールやニッチなシステムの場合、連携に制約があることもあります。

プロ厳選のEC一元管理システムおすすめ8選！

複数のネットショップやモールを効率的に運営するために、EC一元管理システムは不可欠なツールです。

ここでは、業界のプロが厳選した、EC一元管理システム8選を、各システムの特徴や料金とともにご紹介します。

システム名	月額料金	特徴	おすすめの業種
１．助ネコEC管理システム	2,100円～	シンプルで使いやすいEC向け受注管理システム	中小規模EC・個人事業主
２．ネクストエンジン	3,000円～	複数ECモール・カートを一元管理	中～大規模ECサイト運営者
３．アラジンオフィス	要問い合わせ	BtoB向け、卸売・メーカー向け	卸売・メーカー
４．CROSS MALL	10,000円～	在庫同期・売上データ分析が可能	中小規模EC
５．スマレジ	5,500円～	POSレジ連携、店舗とECの在庫管理	実店舗+EC販売
６．楽楽リピート	49,800円～	定期購入・リピート通販向け	D2C・サブスク販売
７．GoQSystem	15,000円～	複数ECモールの受注・出荷を一括管理	複数モール運営EC事業者
８．TEMPOSTAR	1,650円～	ECモール・カート統合管理	中小規模EC